通常要进行鉴别诊断的是：

1、伴有腺体成分的间皮瘤与腺癌的鉴别：许多抗体可应用，但是均没有特异性。

2、伴有鳞状上皮分化的间皮瘤与鳞状细胞癌的鉴别：很少有关于这两种肿瘤的免疫组化鉴别的文献。

3、肉瘤样间皮瘤与肉瘤及梭形细胞肿瘤的鉴别：参考胸膜梭形细胞肿瘤免疫组化鉴别诊断一节。